Ende Dezember 2021 wurde Rukirabashaija von Personen ohne Ausweis und Uniform und ohne Haftbefehl aus seinem Haus brutal verschleppt. Zwei Wochen lang wurde er gefangen gehalten und schwer gefoltert. Seinen eigenen Eindrücken nach geschah dies in einer Kaserne der ugandischen Armee im Süden der Hauptstadt Kampala. Danach wurde er ins Hochsicherheitsgefängnis Kitalya verlegt. Nachdem ein Gericht entschieden hatte, ihn gegen Kaution freizulassen, wurde er erneut verschleppt und streng verwarnt, weder je wieder ein Buch zu schreiben, noch über seine Verschleppung und Folter zu sprechen. Anschließend konnte er nach Hause zurückkehren.

Die Staatsanwaltschaft wirft Rukirabashaija vor, durch seine Kommentare in sozialen Medien „den Frieden Seiner Exzellenz des Präsidenten der Republik Uganda, General Yoweri Kaguta Museveni, ohne den Zweck einer legitimen Kommunikation zu stören“. Der abstruse Vorwurf ist bezeichnend für den Charakter des Museveni-Regimes.

2021 wurde Kakwenza Rukirabashaija von PEN International mit dem Pinter Prize  ausgezeichnet. Auch das PEN-Zentrum Deutschland setzte sich intensiv für Rukirabashaijas Freilassung ein und ernannte ihn „aufgrund seines herausragenden literarischen Werkes, welches stets die höchste Bedeutung der Meinungsfreiheit in unserer Zeit in den Blick nimmt“ zum Ehrenmitglied. Im Februar 2022 konnte ihn der deutsche PEN schließlich in Deutschland begrüßen.